La región amazónica se caracteriza por grandes extensiones de bosque tropical donde árboles como el ceibo, el sande y la caoba pueden fácilmente alcanzar más de 50 metros de altura. Sin embargo, hay zonas donde el agua reemplaza al suelo firme, los ríos se convierten de pronto en angostos canales, aparecen lagunas grandes y medianas, y la canoa es la única manera de movilizarse entre los árboles y la vegetación. Estos bosques inundados son el territorio de delfines, manatíes, caimanes, anacondas y nutrias, y del guarango de agua. La reserva es también considerada una de las áreas protegidas con mayor diversidad cultural de la Amazonía ecuatoriana. Aquí existen comunidades de indígenas como los: Siona, Secoya, Cofán, Kichwa y Shuar.